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Indice dei contenuti: Parte A. Nozioni fondamentali: 1. La biologia essenziale: Genomi, genomica e avvento della Bioinformatica - Genoma degli eucarioti - Genomi degli organelli: mitocondri e cloroplasti - Genomi virali - 2. L'informatica essenziale: Architettura dei calcolatori - Sistemi operativi - Algoritmi e programmi - Linguaggi di programmazione - Server e web server - Basi di dati - 3.
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La statistica essenziale: Dal campione alla stima dei parametri - Inferenza statistica - Statistica multivariata e metodi di raggruppamento - Parte B. Allineamenti: 4. L'evoluzione biologica: Evoluzione molecolare - Meccanismi molecolari alla base dei processi evolutivi - Geni ortologhi e paraloghi - 5. Allineamenti tra le sequenze: Confrontare sequenze biologiche - Allineamento globale di coppie di sequenze - Programmazione dinamica - Matrici di sostituzione - Allineamento locale di coppie di sequenze - Ricerche di similarità in banca dati - Allineamento di sequenze e genomi - Allineamento multiplo di sequenze - 6. Alberi filogenetici: Cosa sono gli alberi filogenetici - Metodi per la costruzione di alberi filogenetici - Test statistici per valutare il grado di affidabilità delle ricostruzioni filogenetiche - Parte C. Genomi: 7. Piattaforme di sequenziamento degli acidi nucleici, dal Sanger al NGS - Tecniche di sequenziamento NGS - Formato dei dati genomici - Paired-end vs sigle-end - Valutazione della qualità delle read - 8. Ricostruzione e annotazione dei genomi: Come si ricostruisce la sequenza di un genoma? - Annotazione del genoma - Elementi regolatori del genoma - Genomica di popolazioni - Identificazione di grandi riarrangiamenti e variazioni strutturali - Banche dati genomiche - Metagenomica e DNA barcoding - 9. Applicazioni della genomica: Diagnosi e predisposizioni - Analisi prenatali - Test di paternità e genomica forense - Parte D. Trascrittomi: 10. L'analisi del trascrittoma: Annotazione di geni e trascritti alternativi - Approcci sperimentali per l'analisi del trascrittoma - Analisi di dati RNS-Seq - Analisi dei livelli di espressione genica - Funzione dei geni differenzialmente espressi - RNA editing - 11. LA struttura dell'RNA: Componenti della struttura secondaria - Metodi per la predizione della struttura secondaria - Parte E. Proteomi: 12. Proteine e proteomi: Annotazioni funzionale di proteine - Interazioni proteiche - Banche dati - 13. Metodi bioinformatici per l'analisi di sequenze proteiche: Descrittori di elementi funzionali nelle sequenze proteiche - 14. Strutture proteiche: Informazione strutturale - Predizione della struttura delle proteine - Metodi per l'analisi delle strutture proteiche - 15. Interazioni proteiche: Metodi per l'analisi delle interazioni proteiche - Interazioni tra proteine e ligandi - Analisi delle interazioni - Parte F. Grandi progetti e prospettive future: Grandi progetti (1000 Genomi, ENCODE ed epigenomici, GTEx - The Cancer Genome Atlas (TCGA) e suoi sviluppi - Human Microbiome) - Competizioni scientifiche: CASP-CAPRI - CAFA - DREAM, Dialog for Reverse Engineering Assessment and Methods - Grandi risorse pubbliche: Ensembl e UCSC - Sfide dell'era omica - Altre applicazioni - Indice analitico
